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Mikroorganismen sind einzellige Lebewesen und werden im Allgemeinen erst unter einem Mikroskop sichtbar. Sie sind in der Mikroskopie die kleinsten darstellbaren Lebewesen. Zu ihnen zählen: die mit bloßem Auge nicht zu erkennen sind. Erst in Massen, etwa in einer Gruppenbildung aus einer grösseren Zahl artgleicher Einzelzellen, wie beispielsweise Ichthyo, werden sie für das blose Auge sichtbar.
Mikroorgansimen kommen immer bei Garnelen vor. Einige besiedeln auch die inneren und äußeren Organe von Garnelen z.B. den Darm.
Die Bakterien des Darms sind sogar nützliche Verdauungshilfen. Bei diesen Bakterien handelt es sich um aphatogene Mikroorganismen. Eine solche Lebensweise zweier Lebewesen nennt man Symbiose, bei der beide Lebenspartner gewisse Vorteile voneinander haben.
Dem gegenüber unterscheidet man Mikroorganismen die pathogen sind. Hierzu gehören z.B. die Erreger der bakteriellen Infektionskrankheiten die durch Kokken oder Spirillen hervorgerufen werden aber auch durch Gliederfüsser und Würmer.
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