Natürlich besitzen Crustaceen auch innere Organe. Diese befinden sich hauptsächlich in der vorderen Körperhälfte des Panzers, im Bereich des Nackens wo u.a. das Herz und je nachdem, ob Männchen oder Weibchen, die Hoden oder die Eierstöcke liegen. Ebenfalls im Kopfbereich, ist eine Harnblase vorhanden die über die Nierenschläuche harnartige Stoffe ausscheiden.

Nahrungsaufnahme und Verdauung

Crustaceen sind eigentlich Allesfresser. In der Natur gehen Krebse und Macrobrachien (Großarmgarnelen) erst meistens Nachts auf Jagt und ziehen sich Tagsüber zurück. Wenn man allerdings im Aquarium eine Futtertablette reicht dauerd es nicht lange und die Tiere lassen sich aus ihrem Versteck locken um diese gierig aufzunehmen. Hat sie die Beute erreicht wird diese zerissen und in Mundgerechte Stücke zerkleinert.

Von dort aus gelangt die Nahrung durch die Speiseröhre (Ösophagus). In die Speicheldrüsen münden deren Absonderungen  während des Kauens mit der Nahrung vermischt werden in den Kropf. Der Kropf dient  als Nahrungsspeicher die von dortaus dan in den Vormagen befödert wird.

Dort wird die aufgenommene Nahrung dann angedaut und zwischen drei starken Zähnen, die dorsale an der Innenseite des Magens befestigt sind, zermahlen. Von hieraus wird mit Hilfe der kardio-pylorischen Rinne die Nahrung in den Pylorus befördert, indem ein mehrstufiger komplizierter Filterpressprozeß feste und feine Nahrungsbestandteile trennt.

Die feinen Nahrungspartikel gelangen dann zur Endverdauung in die Mitteldarmdrüse (Magenblindsäcke) der bei Krebsen gleichzeitig die Funktion von Leber und Bauchspeicheldrüse erfüllt (Hepatopankreas). Aufgabe des Hepatopankreas, ist sowohl die Bildung von Verdauungsenzymen als auch die Resorption und Speicherung von Nährstoffen. 

Die gröberen festen Nahrungsbestandteile, die nicht verarbeitet werden können, werden über ein Trichterventil in den Darm befördert, wo sie ausgeschieden werden. Bei vielen "durchsichtigen" Arten z.B. der Amano-Garnele ist dieser als dunkler Strich im Körper zu erkennen, der entlang des Rückens verläuft.

Crustaceen besitzen keine Malphigischen Drüsen, siehe Bild rechts, wie sie bei den Spinnen und Insekten vorkommen und die Ausscheidungsorgane darstellen. Harnartige Stoffe werden bei Crustaceen über die sogenannten Nierenschläuche direkt ausgeschieden die sich sich im vorderen Teil des Ösophagus (Speiseröhre), die auch als grüne Drüse bezeichnet wird, befinden. Diese Ausscheidungsorgane werden, je nachdem ob die Austrittsöffnung an der Basis der Antennen oder an der Basis der zweiten Maxillen liegen, Antennen- oder Maxillendrüsen genannt. Einige wenige ausgewachsene Crustaceen besitzen beide.

Die Atmung

Die Atmung bzw. der Gasaustausch vollzieht sich bei den kleinen Crustaceen wie Zwerggarnelen, über dünnwandige Kutikulabereiche z.B. die Beine oder die ganze Körperoberfläche, da spezialisierte Organbildungen für den Gasaustausch fehlen. Die größeren Crustaceen, wie Fluskrebse oder Langusten, bilden dagegen Kiemen die von den Seiten des Carapax umschlossen werden.

Anders als es bei Fischen, bleiben die Kiemen aber auch außerhalb des Wassers in feuchter Umgebung tagelang funktionsfähig und können somit bei feuchtem Wetter auch auserhalb des Wassers einige Tage überleben, da die federähnlichen Kiemen sich bei genügender Feuchtigkeit nicht zuammenlegen und verkleben.

Insgesamt kommen beim Stamm der Athropoden drei verschiedene Kiemenarten vor. Tricho-,Dendro- und Phyllobranchien, wobei letztere bei unseren aquaristischen Vertretern vorkommen. Diese befinden sich an den Grundgliedern der Schreitbeine und werden durch eine seitliche Falte im Carapax (Kopfbrustschild), das die Kiemen wie ein Dach überdeckt, geschützt.

Mit den vorderen Extremitäten wird ein ständiger Wasserstrom unter ihrem Panzer erzeugt, der durch wippende Bewegungen das Wasser und somit Sauerstoff einleitet. An den Basen der Beinen fliest das Wasser ein an den Kiemen vorbei und wird am Ansatz der Fühler wieder ausgepresst. Das ist auch für die Exkretion sehr vorteilhaft, die über die Nierendrüse im Kopfbereich ausgeschieden werden. Das so in die Kiemenhöhlen gelangende Wasser wird zusätzlich durch Borsten greinigt, do dass keine Schmutzpartikel die Kiemen in Ihrer Funktion stören. Bei vielen Krebsen dient auch der Carapax selbst als Atmungsorgan.


Der Blutkreislauf

Der Blutkreislauf der Wirbellosen Tiere ist eigentlich relativ simpel aufgebaut. Sie verfügen über ein offenes Blutkreislaufsystem. Die gesamte Leibeshöhle ist mit Blut (Hämolymphe) gefüllt, das mittels eines Herzens zur Zirkulation gebracht wird. Es besitzt eine kräftig muskulösen Wand und liegt im hinterem Teil der Leibeshöhle. Dieses Herz ist eine an beiden Enden offene Röhre, die unter dem Außenskelett über die gesamte Länge des Körpers am Rücken der Garnele entlang verläuft. Die Wände des Herzens können sich zusammenziehen und so das Blut durch das Herz nach vorne in die Leibeshöhle zu pressen.

Das Blut von wirbellosen ist im Gegensatz zu dem der Wirbeltiere bei Sauerstoffreichtum hellblau und bei Sauerstoffarmut fast farblos. Denn Sie verwenden zum Sauerstofftransport Hämocyanin. Anders als beim roten, eisenhaltigen Hämoglobin wird der Sauerstoff im Hämocyanin von zwei Kupfer-Ionen gebunden dass dem Blut seine blaue Farbe verleiht.

Der Blutkreislauf, der die Gewebe mit Nährstoffen und Atemgasen versorgt, ist (wie bei allen Gliederfüßern und Weichtieren) ein offenes System. Das Blut fließt zwar teilweise durch Gefäße, aber auch durch offene Lakunen und Hohlräume der Leibeshöhle und umspült dort die Zellen der Gewebe direkt. Der Flusskrebs ist jedoch so reich mit Blutgefäßen ausgestattet, dass man deren Gesamtheit bei oberflächlicher Betrachtung mit einem geschlossenen Kreislauf verwechseln könnte. Das röhrenförmige Herz ist eine Erweiterung des Rückengefäßes. Es treibt sauerstoff­reiches Blut durch mehrere offen endende Aderröhrchen (Arterien) in die Körperhohlräume.

Die Hauptschlagadern bilden das kopfseitig verzweigte Rückengefäß und das untere Bauchgefäß. Sauerstoffarmes und kohlenstoffdioxid-reiches Blut wird im oberen Bauchgefäß (Haupt­vene) gesammelt. Von dort fließt es zu den Kiemen. Das dort mit Sauerstoff angereicherte Blut fließt dann wieder zum Herzen zurück.