Da der Panzer bei Krebstieren nicht mit wächst häuten sie sich, ähnlich wie den Larvenstadien der Insekten, in regelmäßigen Abständen.

Die Häutung ist ein sehr aufwendiger Vorgang, während dem komplizierte Stoffwechsevorgänge ablaufen. Die Häutung wird durch kaltes Frischwasser gefördert, Erwachsene Garnelen häuten sich, je nach Fütterung und Wasserwechsel, alle vier bis sechs Wochen. Jungtiere hingegen praktisch täglich. Je älter sie werden, desto langsamer wachsen und um so seltener häuten sie sich. Ausgewachsenen Exemplare häuten sich nur noch um verloren gegangene Extremitäten zu regenerieren.

Weiches oder hartes Wasser beinflusst die Häutung der Tiere nicht. Ob hohe oder niedrige Karbonathärte spielt ebenfalls keine Rolle. Bei Tieren die in weichen Wasser, beispielsweise bei 5°dGH gehalten werden, erfolgt die Aufnahme von Kalk und Calcium vorwiegend über das Futter, in dem panzeraufbauende Stoffe wie Eisen, Magnesium, Calcium und Carbonat enthalten sind. Bei Tieren die in hartem Wasser gehalten werden, erfolgt der Panzeraufbau zusätzlich über das Wasser.

Was bei uns Menschen die Knochen sind, die unserem Körper in Form halten und ihm Stabilität verleihen, ist bei Krebstieren der Panzer ihr Ausenskelett. Da der Panzer nicht mitwachsen kann, entwickelt sich nun unter der alten Haut eine neue Haut, die auch viele Partikel und chemische Bestandteile aus der alten Haut aufnimmt. Einige Tage vor der Häutung stellen die Tiere das Fressen ein. Ab diesem Zeitpunkt wird vor allem Calcium – neben anderen wichtigen Mineralstoffen – aus der alten Hülle resorbiert. Das Tier beginnt dann ihren Körper mit Wasser aufzupumpen, bis die alte Hülle an einer „Sollbruchstelle“ aufplatzt. 

Diese Sollbruchstelle befindet sich im Nackenbereich, genauer gesagt in der Hautfalte zwischen Cephalon, Kopf, und dem Carapax, Panzer, des Hinterleibs. Nun schnellt die Garnele in Bruchteilen von Sekunden an der Sollbruchstelle aus ihrem alten Panzer. Bei Flusskrebsen und Krabben dauert dieser Vorgang etwa 5-10 Minuten. Flusskrebse legen sich hierbei auf die Seite und schlüpfen langsam aus dem Panzer. Hierbei wird der ganze Panzer inklusive Antennen und Schreitbeine abgestreift.

Dieser Vorgang ist nicht ungefährlich und kostet sehr viel Kraft. Nachdem sie ihre alte Hülle verlassen hat, wird die neue Hülle, um sich zu entfalten, noch weiter mit Wasser aufgepumpt. Danach ist die Garnele um etwa 10 % gewachsen. Auch Gliedmasen die die Tiere durch einen Kampf oder einer Verletzung verloren haben werden mit der Häutung regeneriert. Mehr über Verletzungen und regeneration von Gliedmasen finden sie unter Verletzungen.

Der leere Panzer nach einer Häutung wird von Neueinsteigern gerade bei Garnelen oftmals für eine tote Garnele gehalten. Vor allem Neueinsteiger verwechseln die leere Chitinhülle mit einer vermeidlich verstorben Garnele. Nach dem ersten Schock erkennt man jedoch, dass es nur die abgestreifte alte Haut, die so genannte Exuvie, ist. Man kann die Hülle jedoch leicht von einer toten Garnele unterscheiden, da tote Garnelen eine rosa, später orangene Färbung annehmen und die Hülle weiß bis milchig-transparent aussieht.

Diese abgestreifte Haut, auch Exuvie genannt, verunreinigt das Wasser nicht und kann deshalb im Aquarium bleiben, wo sie meist von anderen Artgenossen als wertvolle Resource für essentielle Panzerbestandteile aufgefressen wird.

Nach der Häutung ist der neue Panzer noch sehr weich, ähnlich wie ein Wackelpudding, was seine Träger zu einer leichten Beute, auch von Artgenossen, werden lässt. Außerdem ist der in diesem Stadium als Butterkrebs bezeichnete Panzerträger noch einige Zeit sehr stark im Sehen beeinträchtigt.

In dieser Zeit sind Veränderungen der Wasserwerte und Verletzungen für die frisch gehäuteten Tiere nicht ohne Risiko. Deshalb sind gut bepflanzte Aquarien mit vielen Versteckmöglichkeiten wichtig. 

Nach etwa drei Tagen ist der neue Panzer durch zuvor eingelagertes Calcium, welches zum größten Teil über die Nahrung aufgenommen wurde, vollständig ausgehärtet. Bei Mangelerscheinungen oder falscher Ernährung kann es auch zu Häutungsproblemen kommen. Siehe hierzu auch das allgemeine Thema Häutungsprobleme.